Bệnh viện Phổi tiền thân là Bệnh viện Lao và Bệnh phổi tỉnh Điện Biên được thành lập theo Quyết định số 641/QĐ-UBND ngày 14 tháng 6 năm 2006 của UBND tỉnh Điện Biên nay đươc đổi tên thành Bệnh viện Phổi tỉnh Điện Biên theo Quyết định số 360/QĐ-UBND ngày 20/4/2020 của UBND tỉnh Điện Biên về việc đổi tên “Bệnh viện Lao và Bệnh phổi tỉnh Điện Biên thành “Bệnh viện Phổi tỉnh Điện Biên” trực thuộc Sở Y tế.

Đến năm 2011, Bệnh viện được xếp hạng là Bệnh viện chuyên khoa hạng III (Theo Quyết định số 376/QĐ-UBND của UBND tỉnh Điện Biên) với quy mô là 50 giường bệnh. Số giường bệnh được giao năm 2023 là 50 giường bệnh.

Tháng 4 năm 2023 Bệnh viện được kiện toàn cơ cấu tổ chức và đổi tên khoa phòng theo Quyết định 755/QĐ-UBND ngày 28/04/2023 của UBND tỉnh Điện Biên. Hệ thống Lãnh đạo quản lý các Phòng, khoa thuộc Bệnh viện được kiện toàn tại Quyết định số 570/QĐ-SYT ngày 30/6/2023 của Sở Y tế tỉnh Điện Biên.

Tháng 5 năm 2025 Bệnh viện tiếp tục được kiện toàn cơ cấu tổ chức bên trong theo Quyết định số 976/QĐ-UBND ngày 14/5/2025 của UBND tỉnh Điện Biên, theo đó cơ cấu tổ chức bên trong được rút gọn còn 2 phòng chức năng và 3 khoa chuyên môn.

Tính đến tháng 12/2025 bệnh viện được bố trí 50/51 người (số lượng người làm việc thực tế/số lượng người làm việc được phê duyệt); trong đó có 03 người làm việc theo hợp đồng nghị định 111/2022/NĐ-CP.